Mirassol Futebol Clube foi fundado no dia 9 de novembro de 1925 para representar a cidade em amistosos e torneios regionais. Mas só estreou no profissionalismo em 1951, quando o clube participou pela primeira vez do Campeonato Paulista da Segunda Divisão (equivalente a atual Série A2).
Mas as dificuldades em disputar um torneio em nível estadual fizeram com que, no ano seguinte da estreia, o Mirassol voltasse ao amadorismo. O time só se arriscaria no profissionalismo de novo em 1960, na Terceira Divisão (equivalente a atual Segundona). Na reestreia, o time conseguiu seu primeiro acesso, subindo para a Segunda Divisão (atual Série A3) em 1961.
Na mesma época surgiu em Mirassol outro clube profissional. O Grêmio Recreação e Esportivo Cultura, popular GREC, que disputou ao lado do Mirassol a Segunda Divisão, de 1962 e 1963, gerando grande rivalidade.
Com medo de que a disputa enfraquecesse os dois clubes, as diretorias se reuniram em 1964 e decidiram se fundir. Nascia o Mirassol Atlético Clube, de uniforme azul e branco, que representou a cidade por 18 anos, participando de 11 edições do Campeonato Paulista.
Mas em 1981, a distância dos associados do GREC da direção do clube fez com que a parceria fosse desfeita. No ano seguinte, o Mirassol Futebol Clube, amarelo e verde, voltou aos gramados na Terceira Divisão do Campeonato Paulista (atual Série A3). O GREC, por sua vez, nunca mais voltaria ao futebol.
De volta às origens, o Mirassol subiu para a Segunda Divisão (Série A2), onde ficou até 1993. Em 1994, com a criação do atual sistema de divisões, a então Primeira Divisão virou Série A1, no Grupo 1, e Série A2, no Grupo 2. A divisão intermediária, onde estava o Mirassol, passou a ser a Série A3.
O time ficou na A3 por quatro temporadas. O acesso para a Série A2 veio em 1997, com o título conquistado sobre a União Barbarense. Com altos e baixos, em 2003 o clube acabou rebaixado à Série A3 do Campeonato Paulista, porém voltou à Série A2 no ano seguinte.
Em 2005, o Mirassol terminou o Campeonato Paulista da Série A2 na quinta colocação, ficando muito próximo do acesso. A vaga viria em 2007, quando o clube terminou a Série A2 na terceira colocação.
Em 2008, o Mirassol estreou na elite e terminou a competição em oitavo lugar e disputou o Troféu Campeão do Interior, ficando na quarta posição. Em 2009, o Mirassol fez outra boa campanha e ficou em sétimo e, na disputa do Troféu do Interior, terminou a competição em terceiro lugar.
Na temporada de 2010, o Mirassol novamente disputou a principal divisão do Campeonato Paulista e obteve seu pior desempenho desde que estreou na elite, em 2008. Em 19 jogos foram apenas cinco vitórias, o que fez a equipe terminar na 14ª colocação.
Já em 2011, a equipe garantiu a classificação para as quartas de final do Campeonato Paulista, terminando a primeira fase em sétimo lugar. Porém, a derrota para o Palmeiras impediu o time de avançar à semifinal do estadual. Mas conquistou uma vaga na Série D do Campeonato Brasileiro, onde chegou também às quartas de final e disputou o acesso com o Oeste, tendo sido derrotado somente nos pênaltis.
Em 2012, o clube esteve perto de passar novamente às quartas de final do estadual, mas de novo garantiu vaga para a Série D do Campeonato Brasileiro. Desta vez, no entanto, o clube não foi bem e acabou eliminado ainda na primeira fase.
O pior ainda estava por vir e depois da aparente consolidação na elite estadual, o Mirassol fez campanha irregular na primeira fase de 2013 e na última rodada acabou rebaixado, retornando à Série A2 depois de seis temporadas entre os principais clubes do estado.
Apesar de montar bons elencos, o Mirassol bateu na trave em 2014 e em 2015. Nas duas temporadas, a equipe fez uma boa campanha e chegou na última rodada com chances de acesso, mas terminou a Série A2 do estadual na quinta colocação. Em 2016, o Leão enfim retornou á elite do Paulistão - sagrando-se vice-campeão Paulista A2.
Após o retorno à elite do Paulistão, o Leão se mantém entre os principais clubes do estado. Nos anos de 2020 e 2021 o clube chegou consecutivamente às semifinais do campeonato estadual, desbancando gigantes como São Paulo e Santos.
Em 2021, o clube conseguiu o acesso para a terceira divisão e o título da série D do Campeonato Brasileiro.
Mantendo o bom retrospecto nacional dos últimos anos, em 2022, o Leão sagrou-se Campeão Brasileiro da Série C, vencendo o ABC-RN, em casa, por 2x0 no jogo de volta da final.
Fonte: www.mirassolfc.com.br